Das Klinikum Fürstenfeldbruck ist Teil des Kommunalunternehmens Kreisklinik Fürstenfeldbruck / Seniorenheim Jesenwang. Das Kommunalunternehmen ist ein selbständiges Unternehmen des Landkreises Fürstenfeldbruck in der Rechtsform einer Anstalt des öffentlichen Rechts.
Das Kommunalunternehmen wird vom Vorstand geleitet. Im Rahmen der inneren Organisation wurde ein Direktorium gebildet, welches zusammen mit dem Vorstand die Klinikbetriebsleitung darstellt.